在工程合同中，违约金是约定的一种违约责任形式。根据《民法典》和《建筑法》，违约金比例没有固定标准，但一般设定为合同总金额的5%至20%，以覆盖预期损失。
具体比例取决于工程规模、风险程度和当事人协商。例如，小型工程可能约定较低比例，而大型基础设施项目则可能更高，以激励履约。
如果约定违约金过高，受损方可请求法院减少；反之，若过低，可要求增加至实际损失水平。法院调整时考虑公平原则和实际损失。
在实践中，建议结合工程进度设置阶段性违约金，并明确计算方式。同时，保留证据以证明违约事实和损失。
除了违约金，违约方还可能承担赔偿责任。签订合同时，咨询专业律师可优化条款设计。