工程建设合同纠纷的诉讼时效根据《民法典》规定为三年，但起算点需具体分析。如果当事人未按约定进行竣工结算，工程欠款数额未确定，则诉讼时效从履行期限届满之日起算。
在实践中，如发包人与承包人未就工程价款达成一致，诉讼时效不起算，直至结算完成或权利受损明确。最高人民法院判例强调，债务履行的时效自知道或应当知道权利损害时开始。
特殊情况包括质量争议、工期延误等，其时效可能从缺陷发现或延误发生时起算。长期时效为20年，适用于权利被侵害之时起算，但建设工程多适用普通时效。
为避免时效问题，建议承包人在工程完工后及时催促结算，并保留书面证据。如果时效中断，如通过诉讼或书面催款，可重新起算时效。
当事人应注意管辖法院，通常由工程所在地或被告住所地法院管辖。及早咨询律师，可有效防范时效风险，确保权益。