权责发生制是会计核算的基本原则，指经济业务发生时即确认收入或费用，而非以现金收付为准。在合同中，当事人可约定权责发生制的具体应用，但必须符合《企业会计准则》的要求。
根据《合同法》和相关会计法规，合同约定可以作为权责发生制的判断依据。例如，在销售合同中，货物交付或服务完成时，即可确认收入，即使款项尚未到账。
然而，如果合同约定与会计准则冲突，法院可能认定无效。实务中，企业应确保合同条款清晰，明确权利义务发生的时间点，以防税务或审计争议。
在纠纷解决中，权责发生制以合同为准的原则适用于大多数商业合同，但涉及税务的需参考《税收征管法》。建议咨询专业会计师或律师审阅合同。
总之，权责发生制以合同为准，但需依法合规。企业可通过补充协议细化条款，提升合同执行力。