根据《档案法》和相关规定，企业合同档案的存档期限因类型而异。一般经营性合同如买卖合同，建议存档至少5年，以应对潜在纠纷。
对于重要合同，如土地使用权转让合同或长期租赁合同，存档期限可延长至合同履行完毕后10年或更长，以确保证据完整。
税务和财务相关合同需遵从税务局要求，通常存档不少于10年，以备审计。劳动合同存档期限为劳动关系终止后至少2年。
存档方式应采用纸质或电子形式，确保安全保密。定期审查档案，销毁过期档案时需经审批。
若因档案丢失导致纠纷，企业可能承担不利后果。因此，建立完善的档案管理制度至关重要。