工程合同补充合同是对主合同的修改或补充，通常因项目变更而签订。补充协议需经双方协商一致，并以书面形式记录。
起草时，应明确引用主合同条款，详细描述变更内容，如工期调整、费用增加等，以确保法律效力。
根据《民法典》，补充合同与主合同具有同等效力，但若冲突，以补充合同为准。这有助于灵活应对工程不确定性。
常见问题包括补充协议未签章导致无效，建议使用标准格式并附上主合同副本。实际案例中，补充合同常用于处理设计变更。
为避免纠纷，双方应及时履行补充义务，并通过监理方监督执行。专业法律审查可提升合同的严谨性。
总体上，工程补充合同是项目管理的必要工具，能有效化解潜在矛盾。